L’idée de créer un tel site à Saint-Jean-de-Luz, destiné à conserver des espèces, est née dans les années 1980, dans le sillage de deux botanistes fortement impliqués dans la connaissance des milieux naturels régionaux : Paul Jovet et Jean Bost.
Des amoureux des plantes se sont ensuite mobilisés au sein d’une association pour la faire vivre et grandir.
En 2002, la ville lance la création du Jardin botanique et en confie la gestion et l’animation à l’association « Les Amis du Jardin botanique littoral Paul Jovet ».
En 2013, la commune reprend la gestion du Jardin botanique pour l’intégrer dans sa politique de développement territorial et durable.(source)